Въпреки двустепенната проверка на Районните избирателни комисии (РИК) и Централната избирателна комисия (ЦИК) в близо 40% от секциите с възможност за машинно гласуване преференциите на гласоподавателите не са отчетени коректно. Става въпрос за 1139 от общо 3000 секции, в които има или напълно непренасяне на преференциите от протоколите от машинния вот в окончателния протокол, или частично такова, или множество технически грешки. Това показва анализ на изборните резултати, изготвен от Института за развитие на публичната среда.

Според Ива Лазарова от института причини за грешките с преференциите са краткото време за обучение и подготовка на членовете на комисиите, липсата на отделна графа в протоколите за преференциите от машинното гласуване, заради което те трябвало да се сборуват на чернова с останалите, умората и др. Тя уточни, че грешките не са отстранени преди обявяването на окончателните резултати.

В 160 секции на европейските избори няма избиратели, упражнили правото си на глас машина. На 26 май възможност за гласуване с машина имаше в 3000 секции в цялата страна, а гласували по този начин са 159 339 от избирателите.

Според анализа на Института за развитие на публичната среда сред причините, поради които в 5.3% от секциите машините не са използвани нито веднъж, е неосигуряване на тайната на вота. Наблюдатели на института са заснели как в секции във Враца, Перник и Монтана машините са с екран към изборните комисии или зад кашони.

Дневник